新冠肺炎疫情是对我国治理体系和治理能力的一次大考,暴露出在应对新发不明原因传染病时,《传染病防治法》等公共卫生领域法律的立法短板与执法不足,难以应对传染病复杂多变的趋势、价值引领作用缺位、报告及监测系统不完善、防控措施的法律依据不足。为了给传染病防治提供有力法治引领,有必要对《传染病防治法》进行修改完善,理清其与《突发事件应对法》的关系,明确法律定位,重构结构体例。本文从新发不明原因传染病的防控制度、传染病监测体系、预警及信息公布制度、公民权利限制及保障的规定、社会共治五个角度展开讨论,以期为立法修订及应对此类事件提供参考。